故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆?李?琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔?史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……
一个年轻的考古学家租用了哈姆森的船去打捞一份历史文件，该文件在二战期间坠毁在西西里岛海岸的轰炸机残骸中·文件中记载了关于传说中的宝藏隆美尔的金子所在地·但是她的同伴却原来是个骗子、杀人凶手，他想劫持这艘船携财宝逃走·哈姆森和考古学家踏上了漫漫的追踪之路，终于将罪犯绳之于法。
根据初野晴的短篇推理小说改编，有着完美外貌与清晰头脑的上条春太与天真烂漫的青梅竹马·穗村千夏，为了拯救面临废社危机的吹奏部，两人一边寻找新社员一边努力练习，这时却有一连串的谜题逐渐浮现于二人面前.....
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