故事讲述书生宁采臣赴考路上遇到一行土匪逼问两和尚下落,不巧和尚一心法师和徒弟 正好路过此地匪众为抢夺宝物七重宝函大打出手,此时女妖小莺被一心法师发现追杀却被宁 采臣救下。众人辗转来到镇上。匪众还想打宝函主意又被一心法师打败。入夜宁采臣来到众妖幻化 的妓院投宿,一心法师及时出现制止,无奈宁采臣只得到城外兰若寺过夜,偶遇道士燕赤霞 两人交谈之际,匪六恢复神志讲述了一匪众被姥姥在妓院所杀自己被燕赤霞救下。此时姥姥在洞府大发脾气威胁小莺媚惑宁采臣让姥姥吞食,小莺对宁采臣暗生情愫不愿 动手。一心法师寻找徒弟至此,得知徒弟被姥姥所抓,一行人寻至姥姥洞府发生大战,小莺帮 助众人救下小和尚,击败姥姥。不料一心法师入魔大战众人,众人不敌。燕赤霞师兄隐居镇上及时出现手持七重宝函击败入魔一心法师。
知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信:在26个字母的盘旋飞舞中,他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析,认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石,当晚他及柯南、小兰等人来到剧场,那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是,基德竟扮成工藤新一出现在众人面前,但他及众人方向不同的紧张过后,宝石并没被盗,柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上,尚有一起杀人计划正被精心设计。
东京、大阪、京都相继发生杀人事件,5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查,发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名,以义经的家臣名字互相称呼,且都持有一本《义经记》,被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信,说若能解开信中所附的画谜,便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺,均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加,服部也来到京都对案件秘密展开调查,并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时,发现有人想置服部于死地,紧接“源氏萤”另一成员被害,而这一切,似乎又都与画谜有关。