无论遇到什么疑难杂症、什么艰难险阻，堂上综合医院的外科医生相良浩介（泽村一树 饰）及其团队都迎难而上，永不言败，想方设法解脱患者的痛苦。与之相对，自从森山卓（高岛政伸 饰）执掌院长大印以来，堂上医院的上空就笼罩着挥之不去的阴云。他为自己改革所取得的“成就”沾沾自喜，为接二连三成功打压相良而得意万分，却罔顾医院不断下滑的口碑和效益。休假归来的前院长（野际阳子 饰）发现堂上医院当前的现状，强势插手改革，谁知反遭森山的强烈反对。
陆航团飞行大队长姜海在一次红蓝演习中坚持自己的看法，擅自行动，却意外地挽救了己方军队，赢得了对抗最终的胜利。这个远近闻名的“刺头兵”让领导们又爱又恨。适逢陆航团受命筹建我军第一支陆航兵空中突击旅，姜海脱颖而出，成为了一营营长。经过他的不断钻研和尝试，终于完成了世界性的高难度飞行动作，并带领战友们百分之百通过考核。不久，姜海利用创新战法，成功组织了渡海登岛联合演习。陆航空中突击旅最终不负使命，在短短一年多的时间里完成组建行成战斗力，并成为陆军序列中一支新型突击作战力量。
解放前，山城重庆一个卖汤圆的小商贩，靠赊卖“水渍货”发了国难财。他由一个受人欺凌、寄人篱下的小生意人，一跃而成为拥有数十处店铺、大批房地产的百万富翁。在发财道路上，他利用尔虞我诈的手段，乘人之危，大发其财。而社会上的恶势力则勾结一气，利用修电影院塌方的事故，弄得他倾家荡产，一贫如洗。
清朝末年，北京安府为祖传的医药世家。至安霁和与妻秦氏接掌时，因调配出能医治百病、延年益寿的妙方“还魂丹”，而在医界喧腾，引来各方争夺。安霁和死后一年，“还魂丹”因朝廷的征用引来家破人亡的浩劫，甚至殃及已经嫁出的女儿安天澜，令其夫婿不幸枉死，而刚怀身孕的她则辗转逃至江南生下不能说话的女儿方惜若。因为家族落魄，方惜若的成长受尽了折磨和刁难，十八年后，方惜若卷入复杂难解的感情纠葛，在历经了家族含冤灭门、母女寄居受虐、人生颠沛流离的重重磨难后，她一步步解开了自己的迷离身世，并将家族“还魂丹”的秘密最终揭开。
活佛济公2的故事由画中仙、疯女劫、血魔出世、万应佛堂、雪女传说、木马缘、双退婚、鬼郎君 贞洁牌坊等9个单元组成。
