丑小鸭成功拯救鸟类王国后回到了鸭子农场，在那里他受到了英雄般的待遇，丑小鸭也开始沉迷于这种明星的光环。 另一边鸟类王国中一场不知名的瘟疫蔓延开来，不少鸟儿都染病不起，天鹅议员们派人前去寻求卡尔骑士的帮助，正巧卡尔骑士意外受伤，只能让丑小鸭去查明原因，可没想到在看到瘟疫惨状时，丑小鸭情绪崩溃害怕的逃走了，众人对丑小鸭失望透顶。 逃走的丑小鸭也陷入深深的自责中，他终于重新振作起来，决定和丑小八一起找出病因，却没想到被暗中潜伏的加瓦埋伏，夺走了他的力量，还将他困在了枯井之中，在井内，丑小鸭找到生机，见到了鸟类神秘的古代遗迹，也揭开加瓦的秘密。危机时刻，丑小鸭及时赶到激活琉璃鸟之光，再次拯救了鸟类王国。
本片根据纽约市的英籍神经医师奥利佛·萨克斯（Oliver Sacks）的同名回忆录改编。1969年，羞怯内向但对实验充满热忱的脑科医生马尔科姆·塞尔（罗宾·威廉姆斯 Robin Williams 饰）来到纽约市布朗克斯区一家医院，对院内的强直性昏厥证患者进行治疗。在护士埃莉诺（朱莉·卡夫娜 Julie Kavner 饰）的帮助和鼓励下，塞尔医生对病人大胆用药，使一群昏厥几十年的患者重获新生，尤其对患者伦纳德·洛（罗伯特·德尼罗 Robert De Niro）效果尤为明显。但令人意外的是，患者们在苏醒后不久，又纷纷出现了病情恶化的趋势……
