清末，八国联军强压中国。紧挨京城的天津卫乃武家之地，八国联军不敢贸然踏入。在天津卫五年一次的武术会长选拔中霍元甲因救赵师傅一命，自己输掉比赛，赵师傅赢得不体面，与霍元甲产生过节。日本为入侵天津卫，日本第一高手武田龟三郎在天津卫开设红花武馆，一连打伤多家武馆师傅，在日本人设计的圈套下，霍元甲最终与武田龟三郎展开一场生死决斗……
应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！ 故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
正当Keroro小队们向着第四年TV动画进发时，其第二部剧场版《超剧场版Keroro军曹2 深海的公主、是也！》即将于3月17日开始在日本上映。继宣扬“友情”最高的第一弹剧场版结束之后，此次剧场版将大力宏扬伟大的家族之爱。 终于水之惑星马隆星开始了对地球的侵略。马隆星的末裔Meru王子和他的随从Maru，常年2个人生活的他们决定寻重建他们的世界，于是他们开始寻找公主的候补人选。而被选中的竟然是Keroro小的队所居住的日向家的长女，日向夏美！Keroro一行开始向着深海所在的秘密王国出发，解救被掳走的夏美。
KERORO军曹寄住在日向家，竟因沉迷高达模型而惨变家务工人，更意外释放了一个来自“K隆星”远古时代的神秘武器KIRURU，令到全球大乱，面临毁灭危机！这时候，唯一知道如何拯救地球的谜样外星人突然现身，联同KERORO部队调转枪头、发动一场笑震宇宙的太空战争！
