宁采臣（张国荣 饰）与燕赤霞（午马 饰）安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙（谷峰 饰），得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶（张学友 饰）缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩（王祖贤 饰）一模一样……
故事发生在新大陆被发现不久后，英国一批勇敢的开拓者在雷利夫总督和上尉庄麦斯的带领下来到了美洲新大陆，遇上了当地美丽的土著公主宝嘉康蒂。庄麦斯被美丽的宝嘉康蒂深深吸引，庄麦斯向她解释了总督是为了黄金才来到这里，但他很乐意帮助当地的土著建设家园；宝嘉康蒂表示这里的人从来没有见过黄金。这时庄麦斯得知雷利夫总督挖不到黄金，已经开始攻打当地的部落意图从他们手中夺取黄金。他决定阻止这一切，化解白人和当地人之间的仇恨。
