本作改编自岩井圭也小说《最后的鉴定人》《科搜研之砦》，讲述孤僻的怪才鉴定人与怪咖研究员通过科学手段破解疑难案件。藤木直人饰演前科搜研王牌、拥有顶尖鉴定技术的主人公土门诚，白石麻衣出演在土门鉴定所工作的心理学专家高仓柊子。两人从案件痕迹中抽丝剥茧，以科学利刃刺穿真相。
故事发生在静谧山区的一家疗养院。年轻的心理医生孟喃（刘畅饰）和穆思凡（卢杉饰）作为实习医生来到了这个与世隔绝的诡异地方，开始了一段段耐人寻味的离奇故事。疗养院里的精神病人千奇百怪，各自禁锢在自己纷繁复杂的精神世界里等待救赎。而那些穿着白大褂的医生护士，也彼此心怀鬼胎，藏着不可告人的秘密。这不是一个单纯的疗养院，它充斥着神秘的事物，心底的神魔鬼怪在常识和真理的边界蠢蠢欲动。而拥有着超自然力量的孟喃最终是能达成自己的神秘目的还是坠入可怕的陷阱，我们无法预知。精神世界的厚重壁垒，已经裂开缝隙。
花满楼为陆小凤好友，出身于医学世家，自幼因病盲目，但有着高超的武功，和异常敏锐的听觉与嗅觉。 绣花大盗屡犯奇案，京城为之轰动。陆小凤被友所激追查此案，花满楼助之，二人终查出绣花大盗乃名捕金九龄，满楼与之打斗时檀香剑客杀出，刺死金九龄灭口。 西方圣教入侵中土武林，派卧底到中原各大门派，陆小凤、花满楼、西门吹雪察觉，并助各门派铲除奸细，三人更组织中原众高手一同深入楼兰。期间，小凤对薛冰的痴缠不胜其烦，却爱上风尘女子晶晶；满楼亦暗恋晶晶，但知其心仪小凤后黯然退出。晶晶本为圣教圣女，但她因恋小凤而不欲争教主之位。冰祖母薛夫人为救小凤而亡，使冰对凤心死。 中原另有一神秘隐形人组织与圣教暗中较劲，金九龄与檀香剑客均为其旗下杀手。隐形组织偷去圣教圣物罗剎令，使玉罗刹教主地位不保，并引起教中内斗。小凤等几经艰苦到神秘岛探查，得知隐形人组织首领为流云居士，其武功高深莫测，小凤与其契女牛肉汤施假婚之计才得以脱身。 某夜忽有女子潜入花家，被满楼察觉，女子自言名为慕容双，被歹人追杀，满楼相救。双深得花母好感，满楼也渐渐对双心生爱意。 吹雪妻子孙秀清被檀香剑客所伤，不治身亡。吹雪在小凤与檀香剑客打斗之时冲出，杀死檀香剑客报仇。岂料檀香剑客竟是满楼兄长花月楼，满楼悲痛欲绝。 冰离开花家独自飘摇，后偶遇流云，流云对冰悉心照顾，使冰感动，以身相许。 圣教长老日月二圣造反，欲废玉罗刹教主之位。晶晶为助玉罗刹平叛，勉为其难继任教主。小凤密探西方教坛，发现晶晶身份，大受打击，离晶晶而去，晶晶伤心不已，玉罗刹始道出她乃晶晶生母。 小凤等向中原武林公开流云的身份，流云约小凤公开决斗。小凤处下风之时，牛肉汤舍身相救，比武因而延期。西方圣教与隐形组织的争斗愈演愈厉，玉罗刹率众血洗珍宝岛；流云继而派人攻陷罗刹洞。玉罗刹约流云有所了结，原来二人曾有一段情，流云为晶晶生父。玉罗刹落毒欲同归于尽，岂料流云逃过大难，玉罗刹身死。 小凤与流云决战之期，全武林人士在旁观战。小凤施展绝技“凤舞九天”，将流云打落悬崖，流云经海底暗潜回珍宝岛。当夜雷雨交加，满楼与双双洞房花烛。暴风雨中海啸爆发，珍宝岛陆沉，流云、冰、牛肉汤均葬身大海。 小凤往楼兰寻晶晶，见其在神坛祈福，教众俯首，自知二人已无可能，返回中原继续其浪子生活。
1940年的上海，代号“梅花四”的中共地下党员陈家平执行任务时，在险些暴露的紧急关头，与曾经的未婚妻左双桃偶遇。此时的左双桃已经是国民党军统特工，执行刺杀任务失败，也在寻找脱困办法。彼此不知道对方特工身份的两人，凭借当年的默契应对日本人的严密盘查，最终以情侣身份惊险过关。日本人出于对两人伪装情侣的怀疑，随即逼迫两人结婚，左双桃也将计就计进入商行工作。此后陈家平一边完成任务，一边应对未能消除的身份危机，还要一边试探左双桃的真实身份！斗争日益残酷，最终家平发现双桃是军统特工“红桃五”，左双桃也发现了家平是中共特工“梅花四”。左双桃通过对两党抗日态度与贡献的深入了解，在共产主义信仰的感召下，最终选择和陈家平一起战斗。他们历经考验，在党组织领导下完成艰巨的任务，一起踏上新的征程。
明末清初，各路英雄纷纷组织团体反清复明，其时势力最庞大的有洪门及天地会，洪门传人洪熙官（石修饰）与天地会首脑姚璘（关海山饰）经常密谋活动，而洪熙官身上更有着一块先朝遗下，可以号召反清义士的金牌。 一次，洪熙官与洪门各长老商议复明大计时，清兵突然杀至，清廷并有深谙邪术的赤冠仙（郭锋饰）与徒弟赤练甲（杨炎棠饰）相助，洪门长老均被杀，洪熙官则逃出，躲进民间机房中充作小工。 先后遇上方世玉（董玮饰）及胡惠乾（苗侨伟饰） 其时，熙官行藏被清廷侦破，清廷欲在熙官手上夺取那面金牌，熙官之金牌却被世玉抢去。翠花知赤练甲厉害，要世玉投少林寺，一来避难，二来可学技艺，世玉虽不愿意，碍于母命难为，只得与惠乾上路。 天地会首脑姚璘亦想得到熙官的金牌，因此遣女儿姚冷翠（欧阳佩珊饰）上少林，冷翠是个心高气傲的少女，她上少林时惹下不少麻烦，但是因为世玉对她一见倾心，竭力相助，冷翠...
