第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔,大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后,地球圈取得了短暂的和平。这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议,并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。