故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。 少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。
帕西瓦尔和爷爷瓦基斯住在荒芜的边境之地，过着悠闲的生活。帕西瓦尔快满 16 之时，爷爷问他是否要去冒险，看看外面神奇的世界，帕西瓦尔虽然以要陪爷爷为由，拒绝了冒险，但内心依旧是向往冒险的。就在这时，一个叫伊隆希德的男人找上门来，杀害了爷爷，而这个男人正是帕西瓦尔的父亲。帕西瓦尔为搞清真相，踏上了旅途……
少年仲人无意中闯入了绫小路博士的实验室，阴差阳错地启动了博士研究的钢铁天使胡桃，而胡桃也只把仲人视为主人，对他唯命是从，军队为了收回胡桃，先后派了另两位钢铁天使莎奇和佳玲加，但都失败了。原来整件事背后还有一个组织在操控着，而且博士也被他们劫走了，为了找出答案，仲人和胡桃一行人起身前往博士的秘密实验室。
这也是，某个冬日的故事。山梨的女高中生志摩凛，乘着钟爱的机车一路前往滨名湖。从除夕这天开始，久违了的单人露营。从山梨出发前往静冈县磐田。在磐田迎来新年，今天则是第三天。虽然行驶了相当长的距离，但仍然感觉很开心。就在此时，停靠在海边的凛忽然想道「果然，我还是很喜欢单人露营啊」 另一方面，了解凛这份心情的抚子，也产生了新的想法。喜欢和大家一起露营。做完饭后满足地享受也令人开心。但是「我也很想像小凛那样，试试看单人露营啊」 抚子与凛，从这两人的相遇开始的户外系girls story第二幕，现在开幕。
