当一个老式的“开箱即用”盒子出土并打开时，它的新主人很快就有理由相信其中的令人毛骨悚然的小丑娃娃拥有自己的生命
在被称为索尔顿海的生态灾难中，人们一边努力调和过去，一边探索由意想不到的爱情和忠诚塑造的未来。
阳光明媚的一天，碧海蓝天，海鸥飞翔，在一座植被茂密的小岛上，漩涡鸣人、佐助、小樱以及井野、志乃登一众下忍没有任何修炼任务，而是悠哉游哉地坐在海边举行烧烤聚会，只不过这群性格别扭的家伙却分坐在不同地方，各自为政。超级贪吃的漩涡鸣人意外在沙滩下发现一支普普通通、破破烂烂的瓶子，他随手打开瓶盖，却从里面喷出一股浓郁的烟雾。烟雾散去，一个身形巨大的怪大叔出现，他就是传说中的壶中魔神，可以满足人们三个愿望。鸣人他们起初并不相信魔伸的说法，但在见识了对方的法力之后，却不由得佩服起来。可惜他们有意无意浪费了两个愿望，而今只剩下最后一个，各怀私心的下忍们在岛上展开了一场激烈的争夺战……
在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。 当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。 Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来保护雪拉比。突然，神秘的口袋怪兽Suicune出现了。据说这只神奇的妖怪具有可怕的能力......
