距离基拉和 L 的对峙已经过去了 10 年。死神再次将死亡笔记送往地面，世界因此很快陷入混乱。Tsukuru 是死亡笔记特别工作组的成员，与其他 6 名调查员一起，包括 10 年前经历过基拉案件的松田。美国华尔街、日本涩谷等地发生了因死亡笔记而引发的大屠杀。世界著名的私家侦探龙崎是 L 的合法继承人，他也在调查大屠杀。他们发现世界上存在 6 本死亡笔记。一种名为 Kira 的计算机病毒在世界范围内传播。Kira 病毒中的一条信息要求交出 6 本死亡笔记。拥有 6 本死亡笔记的人将统治世界。希望基拉复活的人与希望阻止它的人之间的对抗开始了。
平凡的大学生夜神月（洼田正孝饰）跟在警视厅搜查一课上班的父亲夜神总一郎以及妹妹妆裕共同生活。某天，他捡到死神丢落在人间的笔记本，名字被写在这个本子上的人就会真的死去。开始，夜神月只是当成玩笑，把威胁好友鸭田的佐古田的名字写了上去，但是佐古田真的死掉了。佐古田的死让很多人感到高兴，而月也产生了一种奇妙的感觉。之后，月使用笔记的力量不断杀死罪犯，引起了国际刑警组织的注意，国际刑警组织邀请神秘的名侦探L（山崎贤人饰）来到日本，同夜神总一郎等人共同展开调查。从此，夜神月与L展开了生死对决。
