公元1999年，面临人口,资源,环境各方面危机的人类社会终于为携手开创新时代而实现统一，成立地球联邦政府，并发表人类宇宙移民计划。之后为了保证地球圈的安定与和平，2009年，地球联邦军正式建立。2045年，第1号太空殖民卫星开始动工建造，之后陆续又建起许多殖民卫星，并根据宙域将其划分为SIDE1至SIDE7七个区域。当人类开始向最初的卫星移民时，人类历史便进入了宇宙世纪，纪元亦改为宇宙世纪(简称U.C)0001年，那一年地球总人口已突破90亿大关。U.C.0027年，第一座月面永久型都市“冯·布拉文”完工，此后至0040年为止，实现了总人口的40％(约50亿人)向宇宙的移民。0045年，小行星尤诺进入月球轨道并开始周期性稳定运行，后称为路纳Ⅱ(LUNAR2)。0050年，人类总人口已达110亿，其中90亿为宇宙移民。然而，地球联邦政府并未制定确保宇宙移民权利的有力政策，仍然以地球为中心，加上联邦内官僚主义风气日盛，使宇宙移民的不满情绪上涨……
终于，河野亨（福山润 配音）进入了他梦寐以求的私立贵族男校“藤森学园”，然而刚刚进入学校，就传来了一个噩耗：面容清秀的他居然被选为了“公主”候补生！所谓的“公主”制度，就是由相貌姣好的男生穿上各种华丽的洋服，化妆成可爱的女性来活跃单调的校园气氛。河野亨的第一反应即是拒绝，但当他得知成为“公主”不仅能够享受诸多福利和特权，还能得到一部分的分红时，他的决心动摇了。 在学园里，他遇见了另外两位“公主”：有着完美外表，在男性和“公主”的身份中变换自如的四方谷裕史郎（朴璐美 配音），以及性格温顺同时又十分害羞的丰实琴（柿原彻也 配音）。这性格迥异的三人，为了完成自己做为“公主”的使命，在抗拒与顺从中展开了一段欢乐的校园生活。
