‘如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园’ 突如其来现身的谜之男子伊斯 / 假面骑士Eden，与信仰他的一亿名信徒一起，于世界各地引发多起恐怖行动。当人们接连崩溃倒下，世界处于大混乱之中，为了阻止埃斯而站出来的飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷.net的迅、灭等人，作为假面骑士在与敌人战斗时奋力追查真相。 到底，拥有压倒性强大力量的伊斯真面目到底是。伊斯试图创造乐园，又到底有什么意图？ 跨越人类和AI的隔阂，用60分钟拯救世界！
Satan破解心率锁，得到全球人口数据云库，他的方舟计划得以继续进行，40亿生命危在旦夕！然而又一道算法公式阻止了Satan，数据云库已被加密，破解算法的方法竟然在北奥统一考试的试卷上。苏醒后的阿J决定参加考试，抢在Satan之前破译算法。谁也没有想到的是，阿J因为昏迷太久，被诊断患有数字过敏症，无法再接触与数学有关的任何东西。方舟计划还在进行，Satan步步逼近。阿J能否战胜心魔，挽回已经失衡的天秤？
故事叙述一个总是冒着生命危险的「送货员」，这次接获的任务是要将一个神秘公事箱交给一位行踪不定的黑帮老大，而在运送途中与贪腐警察和其他帮派份子展开一场致命抢夺战，到底箱子里装的是什么？
