祖辈相传的民俗作家一色正和（堺雅人 饰）与仰慕他的青年编辑亚纪子（高畑充希 饰）结为夫妇，新婚燕尔，夫妇俩亲昵无间，携手返回一色的出生地镰仓。回到镰仓不久，单纯的亚纪子就被眼前走过的河童小人吓了一跳。原来镰仓自古是妖气很重的一座城市，妖怪、幽灵毫无忌惮，随意现身；而当地人也见怪不怪，与异类和平相处，分外融洽。开朗的亚纪子很快就适应了这种新生活，她接纳着丈夫的怪癖，见证着幽灵和人类的牵绊，甚至还把一尊贫穷之神接纳家中。 可是就是这么善良的亚纪子，却遭到一个妖怪的暗算。她失去了身体，以灵体的状态游离世间，等同于死亡，这可急坏了一色……
作恶多端的黑龙被封印在深不可测的天音湖中，每隔五百年便要举行凤凰大典，利用凤凰的叫声加固封印。有一个五百年如期而至，谁知在典礼进行的途中发生了意外，凤凰孵化失败，黑龙挣脱了束缚重返人间，世界陷入了水深火热之中。想要再度封印黑龙，必须前往天音谷寻找七件神器，它们共同吹奏出的乐曲能够催化凤凰蛋。不幸的是，虹猫（谢娜 配音）沉睡在天音湖底，无奈之中，蓝兔（袁慧敏 配音）只得独自和天音大师（张怀武 配音）踏上了寻找神器的旅途。途中，两人遇见了魔术师小狸（谢娜 配音），小狸于无意之中展现出了神奇的能力，成为了行动中不可缺少的重要环节。
海底小纵队是一群活跃在海底的小小冒险家。小纵队集结了皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）等7名伙伴，在核心成员巴克队长（北极熊）的带领下向着未知的海域不断探索前进。在本次电影的探险中，一座火山突然喷发，突然唤醒了太平洋海底的几百座火山组成的 “火焰之环”，这一突发性事件迅速演变成了一场全球范围的大灾难。即将集体爆发的火山群时刻威胁着被海啸冲上岸的角岛鲸、生活在火山群岛的帽带企鹅、小纵队维修站的设备、海洋农庄里植物鱼种下的粮食……更不用说那些常年居住在火山口的动植物们！海底小纵队的成员们必须在太平洋海域分头行动，分秒必争，全力救助那些生活在火山周围的奇异海洋生物们。
