《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
因为一个神秘男子找到了被称为世界暗之帝王永夜，用他内心最重要的东西为筹码，将他带入2000年以后的未来，一个修仙帝国，为了守护自己曾经失去的最宝贵的东西，永夜面对着诸多修仙强者，不断地展开战斗，走向最强之路。
