亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。
在右玉关，长期受到番军围攻的局势愈发岌岌可危。奸相严嵩把持下的朝政对此却坐视不管，毫无作为，导致守将杨选只能率部顽强抵抗，苦苦等待友军的粮草支援。就在右玉关即将陷入绝境之际，平安镖局的粮草在纷飞的战火中安全送达，这无疑为已断粮三天的右玉关带来了生的希望。副总镖头谷平安将押镖的粮草亲自交给杨选，彼此间的感激之情不言而喻。但在交接过程中，谷平安得知番军虽然近期未攻城，却向城内连续抛扔死尸，心中不禁生出警惕。 谷平安急忙赶到城门，察看这些被抛进城中的死尸。他发现每具尸体上都有着不同程度的黑斑，那是他毕生所见的黑斑病，这种传染性极强且病死率高的疾病让他心中升起了不祥的预感。谷平安与王兆兴一同前往城内的殓尸房，准备对尸体进行集中处理，越是深入，他们对番军借此手段将右玉关化为死城的企图越发坚定。随着黑斑病在右玉关迅速蔓延，感染人群不断增加，守将杨选不得不求助于右玉关的郎中。然而，他发觉所有的郎中竟在一夜之间消失不见，这让人不禁怀疑其中是否有阴谋。同时，来自京城的谍报传来，张太医在太白楼集结中原名医时，遭到不明杀手的全数杀害。右玉关被番军抛出的传染性死尸与京师名医遭劫杀之间的巧合，似乎暗示着一场更大的阴谋。
为了防止被邪恶军阀绍康的军队入侵，阳间的英雄们必须前往异星并为他们家园的生存而战，去参加可以结束所有锦标赛的最后一届真人快打。
西奥·艾布拉姆斯是前开普敦消防员，患有严重的创伤后应激障碍。在一次失败的救援任务中，由于心理创伤，西奥无法重返工作岗位。一天早上，他醒来时发现妻子被谋杀的尸体旁边，不记得发生了什么，也不记得所有证据表明他杀死了她，西奥的世界变得越来越沮丧和动荡。当警方将他列为首要嫌疑人时，西奥开始逃跑，很快就被警察局副局长艾伦·沙德追捕。艾伦·沙德是一名臭名昭著的残忍的法律战士，他一心想在西奥正式退休前抓住他。然而，当一个不知名的第三方出现，西奥发现了追捕他的邪恶势力之间令人担忧的联系，试图以他无法理解的理由让他永久沉默；最近，他的妻子正在对一家全球武器承包商进行调查。当连接这些点成为生死攸关的问题时，西奥陷入了为生存而进行的绝望斗争，他必须在一场可怕的阴谋永远改变一个国家的进程之前找出到底是谁谋杀了他的妻子。
