上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
2010年，上海。来自法国的大宝是一个SOHO电脑工程师，某天，在一间DVD店里与教授留学生中文的眉偶遇。大宝闲暇时在乐队表演，约会就从这间大宝表演的酒吧里开始了。6个月后，两人的关系发展得很稳定，搬到了一起，并且计划着去眉的老家武汉过年。然而就在出发前一晚，为了寻找新的事业机会，大宝去前女友Vicky家参加晚会，喝多了醉倒在Vicky家。Mei目睹了一切，决定与大宝分手，独自回到了武汉家中。第二天，大宝怀着与眉复合的希望独自来到了武汉……
