上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
一架从上海飞往北京的民航客机即将起飞，在这次航班上，机长李嘉棠（邵兵 饰）和乘务长妻子丘叶华（徐帆 饰）的婚姻正陷入问题，即将辞职结婚的空姐舒骏（池华琼 饰）静静等来了自己的最后一次飞行，而形形色色的乘客们：害怕耽误工作任务的魏朝成（魏宗万 饰）、自视甚高的孟凡（林栋甫 饰）等等，也都各怀心事踏上了旅途。然而起飞不久，李嘉棠发现起落架故障无法放下，这意味着飞机无法正常降落，他迅速向地面指挥报告了这一情况。工程师刘元（尤勇 饰）担任地面总指挥，与李嘉棠在市长等领导亲临现场的关注下，尝试了多种应急方案，但最终无法排除故障，国外公司传来的资料也无法应对这种特殊情况。在飞机燃料只能支持两个小时的前提下，李嘉棠等人只能选择紧急迫降，市长与各部门竭尽全力降低事故可能，然而这次迫降的难度毕竟太大……
没有父母，没有兄弟姐妹，也没有所谓的朋友，一出生就被社会遗弃的具东赫，被送进学校后对学习也没有太大热情，之后被黑社会老大收留，成了一名强力警员。在警局工作，为黑社会卧底，他又再次经历了黑幕重重的人生……
一位在欧洲留学的女大生希瑟偶然发现了一个恐怖组织策划的谋杀案，她作为主要证人处于生命危险之中……
1950年代，我人民解放军海军某鱼雷快艇中队长张敏（王心刚 饰）及战友李雄（张勇手 饰）带领“九九”号快艇全体战斗员到远离大陆的岛礁“鬼屿”设伏。因为此前国民党舰队依仗自己吨位大、火力猛，经常骚扰我东南沿海。敌李舰长（刘江 饰）常以此为傲。但我海军上校（里坡 饰）和沿海军民决心以弱胜强，教训狂妄的敌海军。几天后，敌舰又来滋扰生事，我快艇中队出奇不意出现在“鬼屿”地带，敌人猝不及防赶紧撤退。但在后续的海战中，“九九”号不幸被敌炮火击中，战士们含泪与快艇告别。张敏和刘涛（王毅 饰）受伤，大家忍着伤痛和饥饿，终于飘流到一个小礁上，与同时逃到小礁上的敌军溃兵展开了激烈的战斗，最终全歼了敌人。战士们划着缴获的小舢板，向祖国的方向驶去......
