自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
故事发生在一个架空时代。大洲末年，幽王穷兵黔武不敬天族，妖魔乱世民不聊生。神秘少女子殇携上古先贤的血脉之力，以行商身份掩护欲寻“太煜九鼎”，暗中对抗暴政、求安定天下。热血少年临镜谷弟子韩箕，奉仙师之命协助子殇一路斩妖除魔，解救天下苍生。然而，寻鼎之路远没有二人想的那么简单。自上古上神太季将九鼎与应龙一同封印之后，强大到能颠覆天地秩序的“太煜九鼎”早已被多方势力所觊觎。暴戾的幽王横征暴敛、狐尊一心重振狐族大业、而更有隐秘在幕后的“圣君”想要重启万仙大阵、颠覆世界。而因为狐妖怜嬉的干扰导致太煜神元崩流分散，化为九座神鼎流落四方，于是韩箕与子殇再次踏上寻找九鼎的道路。在这个人、神、仙、魔、妖五界交织的世界中，充满了无数野心、阴谋与谜团的五界交战就此拉开帷幕。
现实世界生活失意的白武突然获得了看到事件成功率的异能？从此摇身一变百万富翁？美女...
