公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。 是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。
21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
电影由三部短片组成。
女孩带着妹妹和父母一家四口受到邀请搬家来到了一幢富丽堂皇的别墅里，在这里，他们不愁吃喝，甚至不用做饭和打扫卫生。虽然新家和宽敞，但女孩更喜欢原来那个破旧的温馨的旧房子。每天夜里，女孩都会在别墅里看到诡异的景象，这令她的心中充满了恐惧，似乎有什么恐怖的事情正在这幢别墅、以及爸爸妈妈的身上发生。 小鼠是一名房屋经纪人，他将全部的经历都花在了装修房子上面，希望这间别墅能够卖一个好价钱。当一切的装潢都完成后，小鼠在屋子里震惊的发现了横行的蟑螂甲虫，与此同时，想要买房的客人们已经上门了。 珍是一名房东，而她的租客们似乎都无法按时缴纳房租，这令她没有足够的钱，来改善这幢已经渐渐老化的房子。珍非常喜欢自己的房子，她的梦想就是能够将它装潢得漂漂亮亮的，然后邀请更多的租客进来居住，但她并没有发现，这个梦想渐渐变成了牢笼，将她囚禁。
「イロガラドラえもん」 「海に入らず海底を散歩する方法」 「22世紀で夏休み」
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
《超人之死》和《超人的统治》现在是一部长达两个多小时的未删节的无缝动画。见证正义联盟和一支不可阻挡的外星力量之间的无障碍战斗，这场战斗只有超人才能完成，并将永远改变大都会的面貌。超人的死而复生在一场...
在另一个地球上，小丑使诈让超人杀死了露易丝·莱恩，致使英雄狂暴。超人决定控制地球，蝙蝠侠和他的盟友不得不试图阻止他。
