全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明——从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！
马德拉斯（小林沙苗 配音），一位行迹诡异的杀手，活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特（桑岛法子 配音），一笔价值不菲的遗产的唯一继承人，从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子，其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的，只有“马德拉斯”这一个名字。 一本神秘的绘本将玛格丽特带往了卡萨索尼卡，而国际犯罪组织安纺亦盯上了玛格丽特，他们派出了特务卡罗莎（森川智之 配音）潜伏在玛格丽特身边。在卡萨索尼卡，马德拉斯和玛格丽特终于相遇了，她们决定共同寻找绘本的起源和隐藏在其中的秘密，与此同时，马德拉斯和她的指导老师潘尼莎（雪野五月 配音）一起，揭露了安纺贩卖军火，并且想要掀起世界大战的巨大阴谋。
本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始...
