女王曼多拉认为人类是自私而丑陋的，就算一时好心帮助朋友也是善变的。而店长辛灵仙子则相信人类是美丽善良的。她们发起了新的赌注。女王以铁希的生命诱惑文茜，逼她说出了辛灵藏在仙境的大门位置。虽然女王无法破除咒语前往人类世界，却能在大门设下陷阱。为了修正冰公主的冰封术，让舒言重新生长，叶罗丽战士们一起回到了仙境。没想到刚到陷阱，就步入了女王精心准备的陷阱，她们被女王分别封入了镜空间。
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
