剧情紧接外传 Battlefield of Pacifist（和平主义者的战场），地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外，希洛等四位高达驾驶员决心把高达送往太阳丢弃，然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬，战乱再一次燃起。巴顿财团利用前OZ统帅杜鲁斯之女作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时胁持担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希洛等人进入殖民地化解危机并把高达取回作战。
《Arise》于2015年重制成10集电视动画《攻殻机动队Arise - Alternative Architecture》，前八集由剧场版四部曲重新剪辑而成，最后两集「Pyrophoric Cult」为完全新作故事，内容则是围绕着将故事导引至《攻壳机动队 新剧场版》的电子脑病毒：火种，所带来的冲击性前传作品。 DAY 1 2029年1月，在新滨市郊外发生飞机爆炸的恐怖攻击，荒卷率领的公安九课收到美军情报部提出共同搜查的请求。事件的嫌犯推测是买卖电子脑病毒‧火种的中间人，通称「纵火魔」。纵火魔从卡尔特派遣过来暗杀穂积上校，将追查自己的美军情报员以飞机爆炸的恐怖攻击方式将其杀害。草薙将穂积当做诱饵，为了逮捕纵火魔设下包围网。 DAY 2 在激烈的电子脑战斗中，草薙成功压制住纵火魔，但查明的纵火魔身份，竟然在飞机的失事现场所发现的恐怖分子遗体资料一致！纵火魔究竟是谁？在分析电子脑的过程中，被排除在共同搜查外的草薙一行人，转任移送穂积上校到美军情报部的护卫，但纵火魔竟成功脱逃并杀害设施内的所有技师，并袭击草薙一行人。纵火魔的电子脑内只残存一个意志，就是保护能将所有人进化的钥匙：火种。
圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（茅野爱衣 配音），其身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）拒绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香 配音），而是命令草薙将艾玛护送至501机关接受调查。草薙在少女身上不仅发现两个灵魂的存在，更触摸到了被官方、军方可以隐藏的悲惨真相……
正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作，将恐怖分子彻底制服，但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染。在西之内恐怖袭击的同时，远郊的水坝发生爆炸案。新滨县刑警陀古萨（新垣樽助 配音）传唤水坝管理企业负责人沙特博士，对方是来自饱经战火的卡森共和国的卡尔迪斯人。受警方高层施压，陀古萨没有得到任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真实身份，正是卡尔迪斯的游击队组织。两起案件意外联系在一起，其背后隐藏怎样的真相？ 本片根据士郎正宗的原作改编，为攻壳机动队前传“ARISE”的第三部。
这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根据士郎正宗的原作改编。
