影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部 巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。
玻板是“少林五祖”之一，某日，师傅带着他连同其他四人坐飞机去美国进行巡回表演，然而，调皮的玻板因为做了错事而被师傅责罚面壁思过因此错过了飞机。孤身一人的玻板在车站流连，偶然间遭遇了小偷，并因此结识了善良的吴妈一家人。
