破晓时分

在孔雀镇的铁路旁边，生活着一个有着灰暗过去的男子——约翰·斯基尔帕（希里安·墨菲 Cillian Murphy 饰），他自幼在母亲的淫威下长大，由此养成了压抑自闭的性格。在母亲去世后，约翰的人格分裂，其内心生出象征母性的女子埃玛。约翰就这样在男女两个身份间转换，过着平静而扭曲的隐蔽生活。某个清晨，灾祸突然降临。一个火车头脱轨闯入约翰家的院子，正在晾晒衣物的埃玛受到惊吓，并且出现在小镇人民的面前。人们对此议论纷纷，约翰则希望尽快将火车头清除院子，然而政客们却打算以此作为政治斗争的砝码。面对种种混乱的局面，约翰和埃玛的心中焦虑重重，他们的矛盾也渐次激化……

悠斗（向理来 饰）是一个个性非常内向的少年，在班级里属于默不作声的那一挂，整日沉浸在自己的世界中。班上新上任的老师青山（盐口量平 饰）吸引了悠斗的注意，在不知不觉之中，两人开始了交换日记的举动。虽然不善言辞，但悠斗很擅长用文字倾诉感情，久而久之，悠斗向青山敞开了心扉。一天，悠斗因为感冒而没去上学，担心的青山登门探望，两人独处一室，在暧昧的气氛中，青山没能控制住自己的感情，吻了悠斗。青山的吻给悠斗的内心里带来的极大的震撼，他激烈的拒绝了青山的求爱。之后，青山辞去了教师的职务，两人再也没有见过面，一晃眼三年过去。

月朗星稀之夜，阿宝（杰克·布莱克 Jack Black 配音）与悍娇虎（安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 配音）、快螳螂（塞斯·罗根 Seth Rogen 配音）潜入新一届武术大会的博物馆，这里陈列着风暴铁牛侠（Dennis Haysbert 配音）、流星鳄大侠（Anthony Leondis 配音）、雷霆犀牛侠（Paul Scheer 配音）等功夫大师的经典兵器，阿宝为此兴奋不已。当然，这里还有关于苏武三姐妹（Sumalee Montano 配音）的物件。阿宝向朋友们讲述了很久以前的武林故事：当年苏武三姐妹横行中原，她们仅凭一双筷子就挫败了强大的豺狼帝国。当她们从帝国监狱逃脱后，开始图谋联合武林败类称霸全国的计划。为了阻止她们的野心，乌龟大师（Randall Duk Kim 配音）找到了当时功夫了了却醉心名利的风暴铁牛侠、流星鳄大侠和雷...

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

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