明朝天启年间，左都御史杨涟因得罪魏忠贤含冤入狱，魏忠贤授意东厂及锦衣卫秘密将杨家灭门，徐长卿受王冬青所托秘密救援杨涟孙女杨紫萱，长卿舍身护送紫萱从应山府逃到龙泉村同仁医馆投靠刘谦，刘谦感念恩师杨涟恩情，将紫萱收作关门弟子细心照顾并传授其医学知识，此后几个人将医馆生意打理的井井有条，没想到却引来同行郎中吴南星的嫉妒，最后惊动魏忠贤党羽，魏忠贤得知杨紫萱踪迹派出多批杀手奔医馆而来，只为将杨家孤女紫萱和账本（杨涟所留魏忠贤通敌）一同斩草除根……江湖风云又起。
金一趟（葛存壮 饰）是一名拥有着丰富经验的老中医，他的独门秘方“再造金丹”能够治好各种疑难杂症，而金丹的秘方只有金一趟自己一人知道。金一趟有两个女儿金秀（宋佳 饰）和金枝（许晴 饰）。金秀在和张全义（孙淳 饰）结婚后久久没有怀孕，这可急坏了金一趟。一次偶然中，金一趟见到了一名弃婴，收留了他取名金兴。在一连串的意外和波折之后，金秀成为了金兴的养母。 金枝结识了名为徐伯贤（马红鹰 饰）的男子，徐伯贤经营着一家公司，一心想要得到再造金丹的配方，将它批量化生产以获得巨大的利益。再造金丹的存在让众人纷纷被卷入了阴谋和感情的漩涡之中。
