Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
濑能名津流（井上麻里奈 配音）是一位平凡的高中男生，某一日，在机缘巧合之下，他竟然成为了拥有超能力的肯普法战士，然而，所有的肯普法战士均为女性，而莱能变身之后，亦为女性的形象。就这样，在忽然开口说话的玩偶切腹虎（野村道子 配音）的调教和指导下，濑能开启了他的“双重生活”。 温和内向的图书管理员美嵨红音（堀江由衣 配音）、温文尔雅高高在上的学生会长三乡雫（名冢佳织 配音）、大大咧咧热情开朗的近堂水琴（阿澄佳奈 配音）、深藏不露十分腹黑的沙仓枫（中岛爱 配音），和濑能一起活跃在战线上的，是这些个性迥异的可爱女孩子们，她们需要共同面对的，是怎样强大的敌人呢？
从一个灵气枯竭的末法时代，来到了武道昌盛的世界，诡异死亡的灵种，危机四伏的局面，让处于深渊的王昊何去何从？
在三槌家的掌门人高上美夜子（堀江由衣 配音）过世以后，家族后继无人。由于长久以来，三槌家都侍奉着家族的守护神——狐仙大人，所以，当族中长老预测到各路妖怪将被美夜子的两个儿子高上升（水岛大宙 配音）和高上透（嶋村侑 配音）的法力吸引而来时，毫不犹豫的解除了曾经因为捣乱而被惩罚的狐仙的封印，天狐空幻（野上尤加奈 配音）保护三槌家的任务就此开始。 自从空和升相遇以来，怪事就没有停止过。空活泼调皮的性格没少给升惹麻烦，但在紧要的危急时刻，也是空将升从水生火热中解救出来。一来二去，两人之间产生了难得的信任和感情。此外，和三槌家本毫无瓜葛的守护女红（早见沙织 配音）也加入到了守护高上两兄弟的队伍中来，不断的吸引着妖怪的兄弟两会面临着怎样的命运呢？
奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。
