在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
宇宙流浪汉李约素无意中发现了多年前失踪的移民飞船“上佳”号，并目睹了令人惊惧的异常现象……人们逐渐发觉了正在逼近人类的巨大危险，几经周折最终科尼尔星域各方势力不得不合力应对强敌。孰料，异族的强大超乎想象，科尼尔星域人类在全军覆没之际，只得派出李约素向银河之心的强大人类文明求救……
东京都高度育成高中，是以升学率、就业率100%为荣，每月支付相当于10万日元金钱的梦想学校。但是，其内在是只有一部分成绩优秀者才能得到好待遇的实力至上主义学校。迎来第3学期，从D班晋升为C班的绫小路等人前往林间学校。在那里实施的是被称为“混合集训”的全年级联合进行的特别考试。就像它的名字一样，按男女分开，必须结成由多个班级人员混合的小组，以该小组为单位进行评分的考试。如果不与一直以来作为敌人而竞争的其他班级的学生们合作，就无法获得高分，而且最重要的是，在没有达到分数线的小组中将有人退学。动荡的第3学期即将拉开帷幕！
