武雄服刑十二年，出狱后才发现妻离子散，其后于铁工厂中工作。日子久了，与其他同伴友情日增，更得小贩阿惠青睐。但好景不长，钟又与黑帮发生过节，武雄出生江湖，自知擒贼先擒王，深入虎穴后始知幕后主使，竟是当年使他杀人弃妻儿的老大。

1962年，正值台湾白色恐怖时期，当时中国国民党领导的蒋中正政府以防止共产主义渗透等理由颁布台湾省戒严令，路上举目皆是反共标语，国民党政府亦鼓励人民告密检举匪谍，并严禁私自结党。同时为了管制言论思想，中华民国政府将许多书籍列为禁书，禁书类别甚广且认定标准不一，例如诺贝尔文学奖得主诗人泰戈尔的《飘鸟集》[注 1]即是其一。但在这样的高压环境下，仍有许多人在台湾各个角落暗中举办读书会，追寻自由。

台风夜，翠华中学三年级的方芮欣在昏暗的教室醒来，在寻找张明晖老师的途中遇到了二年级的学弟魏仲廷，两人走到校门口却发现溪水暴涨，于是回到校园中继续找寻张老师。但学校渺无人迹，校舍中贴满了台湾省政府查封的封条与台湾丧葬的示丧纸“忌中”。他们发现事件并不单纯，并逐渐想起过去所发生的悲剧。

翠华中学美术老师兼任辅导教师张明晖在校内储藏室创办了读书会阅读禁书、成员包括音乐老师殷翠涵、学生魏仲廷等人。另一方面方芮欣因为家庭失和使学业成绩受到影响，殷翠涵便引介她给张明晖，希望张明晖能辅导方芮欣走出低潮，孰料在密切的心理辅导之下，方芮欣与张明晖意外产生了师生恋，张明晖并亲手做了一条白鹿项链赠与方芮欣。

一日早晨，方芮欣的母亲李妙子怀疑丈夫方道勤有外遇，却遭到方道勤家暴，情绪失控的李妙子不断念佛，并向菩萨许下希望方道勤消失的愿望。方芮欣到校后，先前因压力过大而在《校史》中的历任校长肖像上涂鸦一事，被负责管理秩序兼任校园思想控制的军训教官白国锋知道，白教官希望方芮欣不要给她即将升官的父亲添麻烦，并表明有任何问题可以找教官商量。朝会升旗典礼时，教师黄又新因涉及“颠覆国家”罪嫌，被中华民国宪兵当众拘捕，引起骚动，也使白教官对校内所有老师展开调查。当晚，方芮欣与张明晖两人在校外幽会，方芮欣在纸上画出琴键，教他弹奏《雨夜花》。方芮欣返家后，发现父亲遭宪兵队逮捕，父亲要方芮欣让母亲通知白教官，在他离开后，方芮欣才知道父亲之所以被捕，正是因为母亲的检举。

几日后，殷翠涵注意到张明晖和方芮欣过从甚密，提醒他应该谨言慎行，以免让方芮欣陷入危险，不久，张明晖就跟方芮欣提出分手，方芮欣因偷听到殷翠涵与张明晖的对话，误以为是殷翠涵对张明晖也有爱意，想要拆散自己跟张明晖。方芮欣一来希望白教官救回父亲，二更希望“情敌”殷翠涵因阅读禁书而遭校方解聘，便利用对自己有好感的魏仲廷，取得读书会的证据并向白国锋检举。白国锋并未对方芮欣的要求有具体承诺，只说：“国家会感谢你的。”

台湾警备总司令部派员到校，包括张明晖在内的所有读书会成员皆被拘捕，有的被处决，有的死于刑求，连借储藏室钥匙给读书会的工友也被虐杀。张明晖在临刑前嘱咐魏仲廷要活下去，记住这一切有多得来不易，因为自由终会来临。之后张明晖被依叛乱罪枪决，魏仲廷听从建议，招供以保住性命；方芮欣则因愧疚难耐，在礼堂舞台上自缢身亡，以死向枉死孤魂谢罪。开头中的魏仲廷和方芮欣所在的翠华中学是处于阴间地府似的空间，充满着阴间地府的鬼物；俩人其实是以灵魂的状态困在此空间。恢复记忆，发现事实真相的方芮欣决定拯救被阴间鬼魂抓捕的魏仲廷，让他重返阳间以让在阳间监狱里垂死的魏仲廷恢复生机。

多年后，魏仲廷因解严而赦免出狱，他克服了恐惧，到张明晖的坟上祭扫后“返校”，到即将拆除的翠华中学，将张明晖的绝笔信与定情之物白鹿项链，交给了方芮欣的灵魂，并向她表示他会永远记得方芮欣。

　　勇桑（蔡振南 饰）是建国市场的老大，英明神武德高望重的他深受手下小弟的敬重和爱戴，市场里大大小小的事务均由勇桑主持。清枫（孙鹏 饰）是勇桑最信赖的手下，虽然并未挑明，但大家都知道，清枫将在勇桑金盆洗手之后接替他的位置。
　　因为杀人罪入狱三年的阿雄（黄鸿升 饰）出狱后回到了勇桑的身边，实际上他并未犯罪，而是替清枫顶罪。勇桑十分看重阿雄的能力，甚至决定将建国市场交给他管理，可是阿雄已心生退意，他不愿再重蹈覆辙，只想做一个干干净净的人，过宁静平安的生活。麦可（王阳明 饰）从国外深造归来，一心想要改变市场里奉行了多年的角头制度，他将第一个改革的目标放在了勇桑的身上。

　　当至亲成为器官黑市中的“商品”，一位父亲选择了最残酷的复仇！前棒球教练张其茂在经历女儿被偷、妻子自杀、自身蒙冤入狱的沉重打击下，多年后出狱的他发现女儿的失踪背后隐藏着更恐怖的阴谋——她可能已成为活体器官买卖网络中的“器子”。为揭开骇人真相并找回女儿，张其茂毅然化身复仇者，独自闯入由金钱与暴力筑成的罪恶迷局，开启了一场以命相搏、惊心动魄的终极对抗。

　　大家說，釘仔跳海了，但是他明明就好端端站在我的面前。他用手語對我說：為我辦一場西式的喪禮。我一直不知道該怎麼辦──不管是西式的喪禮，還是自己面對的所有鳥事。事情已經夠多夠亂，偏偏在釘仔一次次的捉弄中，我和阿皓學長愈走愈近……靠，我不懂，阿皓學長明明是釘仔姐姐暗戀的對象，為什麼釘仔要讓我意識到自己喜歡的人，也是阿皓學長──你是來搗亂的是不是？幹嘛讓我發現自己喜歡的其實是男生。