剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。

“八一三”以后，日军全面攻陷上海，租界区成了战争以外的孤岛。一个以锄奸为已任的秘密组织猎鹰暗杀队应运而生，他们以燕双鹰（张子健 饰）为首出没于日伪之间，极力阻止日寇对我财富的掠夺。日军从东京派来特使今井武夫（平田康之 饰），企图利用假钞套购中国的黄金。燕双鹰打通市长（梁冠华 饰）关节，利用其女儿章月欣（苑冉 饰）之口，与郑雅姝（王紫瑄 饰）、林小江（刘亚津 饰）设下圈套，并冒充日本亲王将今井武夫费了九牛二虎之力搞到的黄金秘密劫持，同时将责任嫁祸于外滩的黑帮组织。今井武夫恼羞成怒，派章月欣打入暗杀组织内部，以图里应外合将其一网打尽。不料章月欣暗恋着风流倜傥的冷面杀手燕双鹰，这是今井武夫做梦也没想到的......

1949年春，为破获保密局暗杀小组，争取国民党某兵团起义，松江市公安局专案组启用隐匿在民间的狙击高手苏文谦担任顾问，对抗保密局派出的一号杀手池铁城。苏文谦曾是与池铁城搭档多年的杀手，在与专案组成员一次次同生共死的考验中，曾发誓不再拿枪的苏文谦真正认识到了共产党才是中国的希望与未来，真心实意站到了人民一边，也重新找回了持枪的理由，决心不惜一切，挫败暗杀阴谋。两个一流的狙击高手因此展开了一系列斗智斗勇、惊心动魄的狙击对决。而这一场看似毫无关联的暗杀与反暗杀的较量，又关系着前方十万大军的生死命运。

某朝末年，倭乱四起，宦官专权，东厂曹公公勾结倭寇，残害中原武林，意欲谋反。长海对外身份是鹊刀门掌门，实则是秘密抗倭组织成员，除了剿灭倭寇，另一项重要任务就是查出勾结倭寇的朝中汉奸。而同时曹公公也发现有反对自己的武林人士存在，暗中派人监视武林各门派的一举一动。因要掩人耳目，并同时进行秘密任务，西门长海（赵本山 饰）找到远在家乡的孪生兄弟西门长在（赵本山 饰），让他冒充自己。 虽是孪生兄弟，西门长海和西门长在兄弟俩的个性和人生道路完全不同，弟弟是英雄虎胆的一代大侠，哥哥则是胆小懦弱的市井伙夫。面对弟弟的请求，胆小怕事的西门长在一万个不答应，奈何顶住了弟弟长海的威逼利诱，却顶不住弟弟许诺给他找个“老伴”的色诱，于是半推半就的同意冒名顶替。就这样，西门长在稀里糊涂的从一个掌勺摇身一变成为掌门，进入了光怪陆离的武侠世界。西门长在来到人生地不熟的鹊刀门，想要冒充弟弟，首先遇到的第一关，就是要骗过弟弟长海身边的几位亲人：呆傻木讷的大徒弟郝盟（程野 饰）和性如烈火的叶四娘（葛珊珊 饰），鲁莽冲动的二徒弟赵德柱（宋晓峰 饰），当然最难的是弟弟的女儿西门柔（历晓贺 饰）。西门长在本来想低调蒙混过关，不料树欲静却风不止，各自风波接踵而来，天池帮帮主高大毛（宋小宝 饰），五毒教教主等人纷纷找上门来，最危险的是，西门长在引起了东厂曹公公（杨树林 饰）的注意和怀疑！

面对一个个错综复杂的悬疑案件，法证部高级化验师余星柏（黄宗泽 饰）、重案组高级督察井浩然（袁伟豪 饰）、法医科高级医生范佩清（蔡洁 饰）三人团将如何一步步抽丝剥茧，在危机四伏的谜团中，用科学揭露事实寻觅真相？在面临生死时，他们又将如何坚守本心，完成对自我和他人的救赎？一切答案都将在本季剧集中揭晓。

1938年4月，太行山区的八路军成功粉碎侵华日军的”九路围攻“。穷凶极恶的日军秘密制定投放生化武器的”蚂蚁行动“及抓捕八路军名医李胜男毁灭生化罪证的计划，企图挽回败局。八路军某部连长杨程奉命带队深入敌后巧妙地救出李胜男。杨程等共产党人为国家为民族抛头颅洒热血的大义精神，感动了执行炸桥任务的谭汉波等国军官兵，毅然决定与八路军联手挫败日军阴谋。杨程等与日军斗智斗勇历尽磨难终于摧毁化学武器，夺得样本罪证。日军为了消灭罪证，对杨程等展开疯狂追杀。杨程等以生命为代价掩护李胜男成功突围。不久，日军在中国太行山区使用化学武器的消息传遍全世界，遭到国际社会的强烈谴责。

　　北宋徽宗年间，镇远大将军凌落石与当朝奸相蔡京相互勾结，狼狈为奸，致使朝纲败坏，国势日衰。身兼武林大联盟副盟主的凌落石，更因觊觎武林盟主宝座，而趁盟主冷悔善过寿时，将其杀害，取而代之，冷悔善幼子冷血（蒋毅 饰）侥幸死里逃生，并为太傅诸葛神侯（岳跃利 饰）收养于狼窟中长大。诸葛神侯为对抗武功高强、阴险狠毒的凌落石，除个别传授冷血武功，亦同时培养另外三位极具资质潜力的血气青年追命（钟汉良 饰）、无情（朱磊 饰）、铁手（车仁表 饰）分别授与武功有成后，以分进合击方式，展开连串刺杀凌落石之艰巨任务。四人呗诸葛神封为“六扇门御前四方总捕” ——东方总捕铁手、南方总捕追命、北方总捕无情、西方总捕冷血，四人分别保卫着四方各地安宁。

胡八一、王胖子和大金牙被村民编造的绣花鞋的故事所骗，前往陕西古蓝县。水路艰险，胡八一挺身让众人脱险。在招待所幸遇陈瞎子提醒，得以逃脱村民圈套。三人无意掉入“龙岭迷窟”遭蝙蝠袭击，发现身上长出红斑，决定在王大爷家修整，遇到同样来找红斑根源的shirley杨，并听闻了鹧鸪哨和了尘大师寻找雮尘珠的英勇故事。几人决心寻找雮尘珠，陈瞎子告诉他们“内藏眢”就在此地。村民故技重施，威胁胡八一等人寻找钱财，两拨人马前往洞穴，遭到蜘蛛袭击，被困暗阁，但大家齐心协力，化险为夷，最终进入了“棋盘”机关，众人协作，找到了龙骨天书，逃出洞穴，准备前往云南继续解密“红斑”。