继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
故事发生在炎热的夏天，青青大草原酷热难耐。刚好这一天，慢羊羊村长（高全胜 配音）收到了来自冰极科考队的来信，信上说这里发现了远古的遗迹，因此邀请村长前去一起考察。一听说能去到一个凉爽的地方，于是懒羊羊（梁颖 配音）缠着村长带他们乘坐嘻哈火车一同前往冰极。结果旅途并不顺利，羊村一行掉入了一个冰洞，期间意外发现了远古遗迹。而就在此时，坏心眼的淘淘（邓玉婷 配音）再度出现，他向喜羊羊（祖晴 配音）一行发动攻击，并且误导喜羊羊击碎了遗迹中的时间宝石。这下可坏了，整个时空发生错乱，甚至远古的恐龙都被传送了过来。 更糟糕的是，如果不能及时把所有时空迷失者送回原来的时间，那么一周后世界将被重置为汪洋大海……
