沈安落魄之时收到了一条来自未来自己的短信，让他趁着灵气复苏之前准备好去千灵山，吸收灵气为即将到来的全民修仙时代做准备。在未来自己三番两次的成功预言后，沈安终于相信开始准备前往千灵山吸收灵气，期间偶遇了特殊部门的美女白微微。白微微一行也在寻找灵气出现的地方，奈何比沈安晚了一步，所有灵气被沈安全部吸收。白微微察觉到沈安不是普通人一直派人跟踪监视，沈安身上的秘密也逐渐浮出水面，在未来自己的指引下，沈安找到了当初陷害自己的人并且成功报了仇，又帮助特殊部门重建了地球，保护了全民修仙时代的修士。
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
「カードファイト！！ヴァンガード」 世界で数億人ものプレイヤーを数えるこのカードゲームは、 常に人々を熱狂させ、多くの絆を育んできた…… 孤独だった「新導クロノ」の運命は、未知のクラン《ギアクロニクル》を通じて ヴァンガードと出会ったことから大きく動き出した。 誇り高く、自身の可能性を追求する「綺場シオン」 ありのままの自分を認め、健やかに未来を描こうとする「安城トコハ」 彼らチーム・トライスリーは、自分たちの信じるヴァンガードを貫き、共に成長してきた。 そしてこの秋、 ヴァンガード普及協会が主催する超ビッグイベント、「Gクエスト」が開幕を迎える。 6つの支部クエストを制覇した者に与えられる栄誉、「ジェネレーションマスター」の称号とクランリーダーのチャンス。 新たな目標に燃えるトライスリーだが、その熱狂の裏では、 ヴァンガードを破滅へと導く巨大な陰謀が進行していてた…。 己が使命のため暗躍する伊吹コウジの「Plan-G」なる作戦とは？ 新たなる出会いを通じて、クロノたちはどんな未来を掴むのか！？ Gクエストに櫂トシキや雀ケ森レン、蒼龍レオンといったレジェンド級のファイターたちも参戦！ 新時代の戦いが今、始まる！
メモリーズオフ3.5 祈りの届く刻… Vol.1 （2004年9月23日発売） メモリーズオフ3.5 祈りの届く刻… Vol.2 （2004年10月20日発売）
