男高中生比企谷八幡（江口拓也 配音）性格别扭，孤僻乖张，既交不上朋友，也不敢跟女生说话。老师布置了“回顾高中生活”的作业，他却通篇愤世嫉俗之言，最后还发出了“给我爆炸吧”的诅咒。老师因此强行将他带去了只有一个部员的“侍奉部”，希望可以改变他的性格。这个社团的活动，就是拥有者将以慈悲之心施予贫乏者，简单地说，就是侍奉部里的志愿者向有困难的人伸出援手。侍奉部部长就是校内无人不晓的雪之下雪乃（早见沙织 配音），她头脑聪明，长相可爱，却为人高傲。雪之下要纠正比企谷的问题，而他却表示不必。因此老师提议他们决一胜负，赢的人就可以随意命令输的人。 比企谷与雪之下接触之后，发现女神级别的她也有自己的烦恼，两人似乎有相似之处。想提出交朋友要求的比企谷，被高贵冷艳的雪之下一口回绝。这对男女真的能在侍奉部里谱写出恋爱物语吗，还是注定只是一个错误的青春喜剧？
在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
BD&DVD每卷附有一集特典动画 特典アニメ 第一話 「田中vs太田 仁義なき戦い」特典动画第一话 田中vs太田 无仁义的战斗 特典アニメ 第二話 「小さいことはいいことだ？」特典动画第二话 小事就是好事？ 特典アニメ 第三話 「太田くんの幸せレシピ」特典动画第三话 太田同学的幸福食谱 特典アニメ 第四話 「白石さん、恋の手相占い」特典动画第四话 特典アニメ 第五話 「越前、宿命のたいけつ」特典动画第五话 特典アニメ 第六話 「西園寺さんと不可解な客達」特典动画第六话 特典アニメ 第七話 「太田家のクッキング講座」特典动画第七话
