距离寇拉和瓦图大战后已经过了几个星期了，那场大战对世界造成了改变，有一些无宗术者因那场大战后，意外成为了气宗，寇拉和坦辛认为应该要引导他们成为真正的气宗，所以寇拉一行人前往出现了许多气宗的地方 土强国，决定把那些成为气宗的人集合起来带到北方大气寺去训练他们， 重振气和族，但这时有四位身手高强的人出现并以绑架神通为目标，寇拉又再度面临新的危机。
四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中学三年级的男生，在班上友助属于默默无闻的那类学生，他既不喜欢结交朋友，在课业上也平平无奇，总是独来独往。一天放学后，友助在意外中穿越到了异世界，让友助震惊的是，他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎红末（和气杏未 配音），她们一个是班级里人气极高的美少女，另一个则体弱多病，总是在病假中。然而，在这个世界里，他们三人是并肩作战的伙伴。
美丽可爱的月野兔（三石琴乃 配音）是一名正救读初中的女孩，她学业平平，任性娇弱，俨然是生活在大都会普普通通的女孩子们中的平凡一员。可是，在遇到了那只会说话的小猫露娜之后，月野的人生发生天翻地覆的变化。她不仅可以变身成为拥有神奇能力的水手月亮，还渐渐知晓了自己前世今生的秘密。为了保卫地球，挫败黑暗帝国的野心，月野和水野亚美（久川绫 配音）、火野丽（富泽美智惠 配音）、木野真琴（篠原惠美 配音）、爱野美奈子（深见梨加 配音）等人结成美少女战士，与罪恶展开了连番激战，在此过程中，她与命中注定的爱人地场卫（古谷彻 配音）的浪漫恋情也悄然上演…… 本片根据漫画家武内直子的经典同名原著改编。
