かわぐちかいじの同名マンガを映画化した「沈黙の艦隊」の続編にあたる物語が後半で紡がれる。
1993年，特技演员烈风（方中信 饰）与女友贺千惠（萱萱 饰）、好友凌克洋（林保怡 饰）前往西安旅游，却意外地在古墓中见到了幼年时的救命恩人步荆红（王菲 饰），他震惊于步荆红20年如一日的容貌并展开了调查。原来步荆红是秦朝时获得长生不老药的舞姬胭脂，孤独千年，只为寻找变 回正常人的秘方，而她不知的是，同样获得了不死之身的秦将军嬴战（单立文 饰）一直都在追寻她的下落。烈风在寻找真相的同时渐渐爱上了步荆红，而荆红却一再压抑，拒绝感情。命运交织，改名为盛世秦的嬴战终于找到了荆红，而他依然不改残暴本性，祸害人间，想尽办法拆散烈风与荆红，并且还想彻底破坏荆红成为普通人的愿望。
这是一个以女子乐队为中心的青春恋爱故事。主人公们是一支不怎么重视外型而更在乎自身音乐性的乐队，三个女孩一起住在合租公寓里。主唱有希自视甚高喜欢高谈阔论；鼓手瞳子虽然音乐和时尚品味突出，但是对自己的容貌没有自信，对别人也很严格；贝斯手汐里是一个悲观主义者。一个自称来自未来的男生“亮”放出豪言说要把三人的乐队培养成一支能独当一面的乐队，并表示不达此目标前就一直留宿在她们的合租公寓里，三个女生面对突然出现的帅哥顿感干劲来了。来自未来的亮对女孩们照顾有加，时而安抚时而鼓励。
心灵部队和克拉克总统的政府发现了埋藏在地球太阳系中的暗影飞船，并开始利用这些飞船的先进技术。克拉克政府的排外主义和极权主义日益盛行，并以军事事件为借口宣布戒严。这引发了火星的独立战争，而火星长期以来与地球的政治关系一直紧张。巴比伦5号也宣布脱离地球独立，其他几个地球联盟的外围殖民地也宣布独立。作为回应，地球联盟试图用武力夺回巴比伦5号，但在与空间站结盟对抗日益增长的暗影威胁的明巴利人的帮助下，这次进攻被击退。
