星缘奇境是一座浮空岛，中央的星缘堡顶端围绕着具有强大魔法能量的三颗星石，是少女们美好生活的象征。觊觎星石力量的黑魔仙，伺机抢夺，却意外使星石碎裂散落。三只守护星石的穿梭精灵来到人类世界，命运般的邂逅了三个少女。少女的爱心和勇气唤醒了巴啦啦能量，她们在穿梭精灵的陪伴下，不断成长，寻找星瓣，合成星石。个性迥异她们互相支持，最终收获友谊成为真正的巴啦啦小魔仙。
为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
