来自宇宙中的Bratcher星的拥有黑暗能量的三人组到达了地球，将能量附身于蒸汽机车上从而获得了拥有自我意识且可以变身的机械生命体，其为了实现“将世界笼罩在一片黑暗之中”的目的，决定首先以日本地区为中心展开他们的黑暗大作战。为了阻止这一邪恶野心，维护正义的火车侠们从Hikarian星远道而来，于是围绕着火车侠们与黑暗军团之间的正邪之争开始了。
故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
