宇宙中的神秘组织似乎对能源核感兴趣，然而五位超人在拯救星星球时失踪了，黑暗势力悄然来袭，谁能承担起守护能源核的重任？ 五超人前往灰心星球追查越狱的月舞星影下落，却意外发现月舞星影的目的竟然是灰心星的能源核。超人在追查过程中，意外得知大大怪竟然是一直侵略星星球的背后真凶， 但为了保护灰心星球，超人们决定暂时和大大怪（高全胜 配）合作对抗月舞星影以及背后的宇宙黑暗势力。在这个过程中，他们不仅发现了5颗能源核背后隐藏的重大秘密，也知道了伽罗体内黑暗力量的真正来源。
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
