在第一季成功揭露 DNA 的非法实验后，医学生米亚试图尽快厘清生活中的各种骤变， 因为她意识到自己失去了过去 3 个月的短期记忆。 在试图了解发生了什么的过程中，失忆加上浮现在脑海的可怕画面，让她惴惴不安。她发现自己处于一个更大的阴谋中，这将把她推向边缘。
隋朝未年，官逼民反，各地掀起了大规模农民起义。隋炀帝自感江山不保，心生与唐国公李渊（岳跃利 饰）和亲之意，他把公主若惜（高圆圆 饰）许与李渊长子李建成（严宽 饰），早已与若惜私定终身的李世民（何润东 饰）与其兄发生分歧。隋炀帝死后，李渊建立大唐帝国，李世民征战有功，被封为秦王，而嫡兄李建成被封为太子。此时宫中形成了两大政治势力，李世民厌恶尔虞我诈的派系斗争，退到一边冷眼观望，养精蓄锐，以图来日宏伟大业。李建成一直视李世民为眼中钉、肉中刺，欲除之而后快。李世民念及手足之情，百般迁就忍让，无奈愈演愈烈的宫廷斗争是终究躲不过去的，最终，在爱与恨、国家社稷前途面前，展开了生死大决斗……
