和电影不同，《魁拔妖侠传》将承担完整讲述主角们“前世今生”的任务，并将魁拔史诗宏达的世界观全面展开。在电影中，蛮小满、蛮吉、卡拉肖克潘、阿离公主各自展现了魅力，但未来得及把全部的谜底揭开——而这些“藏起来”的故事和历史，将在《魁拔妖侠传》中一一展开。
宇宙世纪0153年，这个时候地球联邦已经名存实亡，统治衰颓腐朽，宇宙殖民地纷纷脱离控制，地球圈成为诸多军阀逐鹿的场所；建立于Side 2的新兴国家赞斯卡尔帝国开始对地球的侵略，联邦军根本无法阻挡，只有民间军事组织“神圣军事同盟”还在坚持抵抗。出于一个完全偶然的机会，少年胡索·艾文成为神圣军事同盟的驾驶员，被赋予了最新锐的机体，V高达……
万圣天尊林飞主宰全球灵气复苏后，世界各国修仙界群雄井起，位于大夏东侧的乌国部夏国传承，派出高手偷袭却被林飞轻松击败。谁知对方不仅没有收手。反而召唤上古神明想要逆风翻盘，为了永绝后患，林飞直接术妄图作恶的众神全部解决，从此鸟国再也无力優扰大夏。随后林飞为了调古天魔神言，和道倡瑶光起乔装潜入，经过一番调查，天魔神吉的阴谋也终于浮出水面。
