这部原创故事以20世纪60年代初的东京为背景，讲述了尚且稚嫩的“少年鲁邦”在经济高速增长的日本四处游历的故事。这也是鲁邦的童年首次以动画形式呈现。这部六集动画以原作者Monkey Punch绘制的鲁邦童年（Jarilupan）为灵感，讲述了一位13岁的初中生如何成为神偷鲁邦三世的故事。
[1] 第一集：《特公安》 第二集：《变身都市》
在已成为国际政治犯罪舞台的日本，反恐部队“特别公安”与各种外敌展开激烈战斗。新任特警局成员“安琪儿”追赶着立原乘坐的货车，却发现里面停满了燃烧的货车和被残忍杀害的恐怖分子的尸体。此外，成员之一雷电在追捕过程中受重伤并失踪。特警队目前缺少一名成员，经过不懈的调查后，他们抓获了立原。与此同时，首都圈内恐怖袭击事件频发。
[2] 第3集《淘汰令》第4集《痛苦》
特工从立原口中得知了一个神秘的巨型组织的存在，以及他们操控的杀手组织，被称为“猎人”。然而，就在特警队接近案件核心时，上级却下达了清除他们的密令。与此同时，一直在追捕雷电的安吉尔在一个可疑的实验室里发现了他，他已经被改造成了一个强化人类。猎人们的真实身份是拥有强大力量的幻兽。立原和特别检察厅的成员们相继被杀。安吉尔骑着摩托车去阻止这些变成正义怪物的男人……
[3]第5集“逆转”第6集“天使”
如今，整个阴谋即将被揭露。掌控庞大组织的神秘人物。日本现在正在变成最危险的国家。只有天使可以阻止它。在最终决战之前，正义感开始在恩泽尔心中滋长……
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
