勇敢的男孩小宏接触到魔幻元珠，成为了充满正义感的元珠能力者，他和来自不同时空的少年能力者以及幕后技术智囊们一起，带领盟卡伙伴守护城市和人们。新一季里，自私的外星反派为了复苏自己时空的黑洞行星，不顾大地的安危夺走大量魔幻元珠，引发各种灾害。小宏团结伙伴们一起挺身而出拯救危机，在此期间他们了解到黑洞行星的过去，也用真诚让反派阵营的两位少年能力者逐渐醒悟而成为正义的伙伴，让大地和星际时空重现和平与安宁。
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
「カードファイト！！ヴァンガード」 世界で数億人ものプレイヤーを数えるこのカードゲームは、 常に人々を熱狂させ、多くの絆を育んできた…… 孤独だった「新導クロノ」の運命は、未知のクラン《ギアクロニクル》を通じて ヴァンガードと出会ったことから大きく動き出した。 誇り高く、自身の可能性を追求する「綺場シオン」 ありのままの自分を認め、健やかに未来を描こうとする「安城トコハ」 彼らチーム・トライスリーは、自分たちの信じるヴァンガードを貫き、共に成長してきた。 そしてこの秋、 ヴァンガード普及協会が主催する超ビッグイベント、「Gクエスト」が開幕を迎える。 6つの支部クエストを制覇した者に与えられる栄誉、「ジェネレーションマスター」の称号とクランリーダーのチャンス。 新たな目標に燃えるトライスリーだが、その熱狂の裏では、 ヴァンガードを破滅へと導く巨大な陰謀が進行していてた…。 己が使命のため暗躍する伊吹コウジの「Plan-G」なる作戦とは？ 新たなる出会いを通じて、クロノたちはどんな未来を掴むのか！？ Gクエストに櫂トシキや雀ケ森レン、蒼龍レオンといったレジェンド級のファイターたちも参戦！ 新時代の戦いが今、始まる！
メモリーズオフ3.5 祈りの届く刻… Vol.1 （2004年9月23日発売） メモリーズオフ3.5 祈りの届く刻… Vol.2 （2004年10月20日発売）
憧憬着皇帝，向不败的三连冠冲刺的马娘东海帝皇，以及背负着名家的荣耀，向天皇赏连霸发起挑战的目白麦昆。二人既是对手，也是伙伴，一同向着梦想——「闪光系列赛」的优胜，全力奔跑！
结城頼（森久保祥太郎 配音）和结城郁（中原麻衣 配音）是一对双胞胎兄妹，感情十分要好的两人甚至在童年时期许下了结婚的懵懂诺言。可是，随着年岁的增长，郁发现曾经温柔的頼对自己的态度越来越冷淡，着让她感到十分的疑惑。 頼和一直追求自己的女生楠友华（川上伦子 配音）开始了交往，但这更让他感受到对妹妹的无法遏制的感情。同时，哥哥交女朋友的消息也让郁开始逐渐正视起了自己心中的不安和骚动，几经波折，兄妹二人终于相互吐露的心声。然而，这是一段注定要受到斥责和诅咒的爱情，世界如此之大，却也容不下小小的，相爱的两人。在痛苦和绝望之中，兄妹二人会做出怎样的选择呢？
