不死少年陆沉身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回，终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境迁，昔日被迫收下的徒弟竟成了修为通天的大帝，好心收养的小女孩已成为镇压一界的仙子，就连随手捡的一只癞皮狗，也已成为一宗之祖。诸天万界，天地为局，众生为子，对抗十二苍天，一切都在他谋划百万载的旷世奇局之中！
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
伯伦希尔魔法学院的教授永乐在图书馆偶遇了一只叫灰羽的精灵，得知精灵都是有愿望未完成才会留在世间，永乐决定帮灰羽完达成愿望。因为灰羽喜欢听永乐读书，永乐便经常与灰羽挑灯夜读，灰羽也一直听得兴致盎然，一人一精灵相处好不融洽。可没想到当永乐帮助灰羽实体化之后，灰羽竟然性情大变，为了让灰羽不再继续黑化，永乐不得不让灰羽消失在世间……
明明只差一步便能破入仙门，得道成仙的主角，竟被天劫罚下，重返过去？！也好，往日那些屈辱，就在今日一一报了吧！旧日时间线中，究竟还藏着什么阴谋？当初男主的惨境，竟只是一枚棋子的命.
