三千年前，天资绝顶的白秋然被青冥剑宗创始人青冥道人收为门徒，开始修仙之路。三千年后，白秋然的师尊青冥道人飞升成仙，大师兄渡劫失败身死道消，就连最小的小师妹的六世孙都筑基成功，学会了御剑乘风而行。而白秋然经历三千年的苦修还只是停留在炼气期，虽然经常被人嘲笑一直无法突破，但其实白秋然炼气期已达第六万六千六百六十四层的境界，个人实力非常强大，无论对手是仙神还是魔怪都能轻松取胜。白秋然一直没有放弃继续努力寻求突破，在这个过程中结识了不同类型的几位女主，最终找到突破境界之法，得偿所愿、成功筑基。
修次和千濑本来只是两名普通的中学生，虽然两人关系比较暧昧，但是由于他们都不善于谈恋爱，好不容易千濑大胆告白后两人尝试进行交往。原本，两人的青涩恋情应该正逐渐走上正轨时，意外却发生了。战争毫无声息的突然爆发，敌人的战机像下雨般空投炸弹。而这时，一个神秘物体却出现在天际，敌 人的战机被一架架的击落，一场危机暂时得到化解。而身临现场的修次，却清清楚楚的看到那击落敌机的神秘物体尽然是长着翅膀和巨大武器的千濑。原来，千濑是军方的秘密改造兵器，拥有不可思议的毁灭力量。千濑毫无保留地把这些秘密告诉了修次，修次面对这昔日的恋人，到底还是无法接受眼前的千濑。两人普通中学生的命运也因此而改变。
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才藏，三好入道清海的子孙清海，并且从美国来的见雷也的子孙见雷也的4人一起，同500年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行。
