西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
故事发生在一个虚构的世界中，人类受到兽人的支配，过着忍辱负重苟且偷生的日子。奇利艾（宫野真守 配音）是一个平凡的少年，某日，他看到了关于“世界毁灭委员会”的通缉令，没想到，本以为这一切和自己毫无关系的他竟然被卷入了一场充满了刺激与惊险的旅途之中。 莫璐特（坂本真绫 配音）正是“世界毁灭委员会”中的一员，拥有着能够毁灭世界的强大力量，命运让他和奇利艾相遇了，两人踏上了充满惊险和刺激的奇异旅程。托比（古谷彻 配音）是熊族兽人，机缘巧合之下亦加入了莫璐特和奇利艾的队伍中去，一路上，他们遇见了各种各样千奇百怪的旅人们，为这段本就不平凡的旅程增添了光彩。
