As the team checks on possible alien activity, they're stopped by a Plumber Magister who accuses them of impersonating Plumbers and orders them not to fight any more aliens until the situation can be sorted out... in a few months. Meanwhile, Darkstar emerges, a new villain who allies himself with the DNAliens to go after Ben and the others.

　　故事发生在一个虚构的世界中，人类受到兽人的支配，过着忍辱负重苟且偷生的日子。奇利艾（宫野真守 配音）是一个平凡的少年，某日，他看到了关于“世界毁灭委员会”的通缉令，没想到，本以为这一切和自己毫无关系的他竟然被卷入了一场充满了刺激与惊险的旅途之中。
　　莫璐特（坂本真绫 配音）正是“世界毁灭委员会”中的一员，拥有着能够毁灭世界的强大力量，命运让他和奇利艾相遇了，两人踏上了充满惊险和刺激的奇异旅程。托比（古谷彻 配音）是熊族兽人，机缘巧合之下亦加入了莫璐特和奇利艾的队伍中去，一路上，他们遇见了各种各样千奇百怪的旅人们，为这段本就不平凡的旅程增添了光彩。

　　木陀螺王——云晓虎是一个开朗活泼、热情好胜的小学生，他一直痴迷于陀螺比赛，并且屡败屡战。他一直不知道一身老农打扮的爷爷是传说中的七大圣兽陀螺高手之一，除了爷爷所拥有的哮天虎外，还有追风豹、金刚甲都已经成为了背信弃义而拥有野心巴斯的抢夺目标。

　　经过艰苦鏖战，星矢、紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士，凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护，星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间，一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在——极乐净土。
　　这是一片至高无上的天堂，没有饥饿、战争和痛苦，只有死后被神选中的人才能达到这里。他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明——死神达拿都斯和睡神休普诺斯。他们的神力极为强大，纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸。绝望之际，圣衣的力量再次苏醒，进化成只有神灵才能拥有的神圣衣。神与神的战争再次升级，人类的命运将会如何？

　　收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......