小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
白糖一行人经历了失去师傅的悲痛之后，他们将这种悲伤转化为力量，成功击败了邪恶的傀儡师。接着，他们踏上了前往小青（王晓彤 配音）故乡——身宗的旅程。身宗四面环海，风景如画，这里的星罗班一行人开始享受难得的宁静和美景。然而，这段短暂的快乐很快被现实的无奈和艰辛取代。他们面对前所未有的困境，遇到更为强大的敌人，必须作出艰难的道德抉择和正义判断。在残酷的现实和邪恶敌人的磨砺下，星罗班和小青都开始进一步成长和改变。这段旅程不仅考验了他们的意志和能力，也逐渐揭示了小青身世的秘密，让他们的使命和目标变得更加清晰和紧迫。这个故事突显了主人公们在面对挑战和困难时的坚韧与成长，以及他们逐步揭示和理解自己身世秘密的过程。
故事舞台在21世纪中期的东京，那时东京已经因为温暖化而被密林所覆盖，被骤雨与恐怖的热带蚊所威胁的人们建起了以希腊巨神阿特拉斯命名的高塔移迁到了空中。但是并不是所有的人类都拥有这样的福利，贫困的人们仍然得留在地面与种种危机为邻过着艰辛的生活。摆在刚从少年教养院出来的少女面前的，是一大片危险的密林以及与个性各异的同伴一同参与进以性命做赌注的战斗的命运……
